但也有一些科学家和探索者们想要使用母舰作为他们的探索飞船，母舰强大的力量足以保护他们渡过宇宙间的各种难关，最高议会在讨论了许久之后，同意了这个计划，于是有一部分的母舰满载着科学家和探险者，前往了宇宙的深处。
但意外就这样发生了，在卡拉历2500年，两艘母舰同时坠毁在了一颗中子星的上空，正如灵能矩阵的发明者涅辛曾经预感到的那样，一连串微不足道的巧合，造成了这场自卡拉建立以来的最大灾难，虽然相位技师们很快便找到了解决方案并修复了这个问题，还为每艘母舰增加了群体召回的能力，但最高保存者却察觉到了一丝危机。
如果连目前最为强大的战舰--母舰都无法真正保护我们，那当灾难降临的那一刻，我们的敌人是否也会如此轻易地毁灭我们？
这个猜想让洛哈娜三姐妹无比的焦虑，虽然到目前为止，星灵帝国都没有在本宇宙中遇到过其他智慧生命，但一来獠牙王的踪迹也始终未曾寻得，二来星灵帝国对平行宇宙的观测也有了一段时间，看到了其他宇宙的许多外星种族遭遇的命运。
‘既然母舰无法庇护我们，那就制造更强大的战舰’珊缇拉一向喜爱工程研究，但在一千多年前母舰现世之后，星灵们的科技似乎有些停滞不前，也再没有创造出更加强大的战舰了，这一次的灾难也再一次提醒了她们，不能因为长久的安逸就放松警惕，这一次是中子星巧合事件，下一次就极有可能是獠牙王大举入侵。
卡拉历3000年，在最高保存者们的建议下，最高议会的支持下，珊缇拉的帮助下，卡莱工程师们通力协作，终于研究出了那不可思议的杰作--方舟舰。
一艘满员的方舟无需后援就能打赢一场战争，也可以瞬间疏散整个星系的星灵成员，这都要归功于那能够覆盖整个星系的灵能矩阵和折跃网络；方舟的动力来源于太阳矩阵核心，这是一颗人工恒星，只要能驾驭它的力量，便能维持方舟上各项功能，为方舟内成千上万名士兵船员源源不断地提供补给，可长达数十亿年之久；方舟拥有极好的封闭性，即使方舟失去动力，在宇宙中漂浮几个世纪，舱内船员也能安然无恙。
方舟长近百公里，舰尾宽度也有几十公里，舰身如此庞大，操控性却非常好，不仅能够进行长距离跃迁，还能在近距离进行闪避折跃；方舟上搭配了难以想象的先进武器，包括但不限于停止一片星空的时间、对一片区域进行饱和式毁灭打击、对一个目标进行点对点持续打击；当然方舟也拥有一套完整的舰船制造线，拥有每日可生产一支侦察小队的产能；方舟可以作为长期战争的指挥中心，舰内所有系统都有备用系统。
方舟的设计构想便是提供一套完美的解决方案，以应对任何灾难与战事。
在第一艘方舟的起航典礼上，马多尼斯任命亚顿为其点火，并赐名为亚顿之矛，在接下来的时间，星灵帝国又制造了两艘方舟，但由于制作方舟所消耗的资源过大，已经影响到了帝国的正常发展，于是被最高保存者叫停，而这两艘方舟又被分别命名为奥塔利斯之傲和涅辛之忆。
拥有了三艘方舟的星灵帝国重拾了那直面未知黑暗的勇气，他们将亚顿之矛派往边境，负责开疆拓土；将奥塔利斯之傲巡视帝国，守卫帝国境内的每一处土地；又将涅辛之忆驻守在艾尔，防止有人偷袭主星。
星灵帝国的黄金盛世降临了，虽然他们还未曾遭遇过敌人，但他们的科技水平已经抵达了这个宇宙的顶端，无愧于神之长子的称呼，而獠牙王的秘密也即将揭晓。
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